Sublinhámos já que os deputados ao Parlamento Europeu são eleitos por sufrágio universal directo, pelos cidadãos dos 27 Estados-Membros da União Europeia. Vamos agora apresentar a estrutura orgânica desta instituição.

 Começamos por salientar o Presidente do Parlamento Europeu, deputado europeu eleito pelos pares, por um mandato prorrogável de dois anos e meio. O Presidente do Parlamento Europeu, actualmente Hans-Gert Pöttering (Alemão) (PPE-DE), está incumbido de presidir as sessões plenárias do Parlamento, a Mesa do Parlamento e a Conferência dos Presidentes dos grupos políticos, bem como de assinar o orçamento e as “leis” (regulamentos, directivas, …) adoptadas conjuntamente com o Conselho. É também o representante do Parlamento Europeu em todas as actividades externas e nas suas relações com as outras instituições da União Europeia.
O Parlamento elege também por escrutínio secreto os 14 vice-presidentes, cada um com as suas competências específicas. O deputado português Manuel António dos Santos (PSE) é um dos Vice-Presidentes da Mesa do Parlamento Europeu.

Para além do Presidente, o Parlamento Europeu é também constituído por vários órgãos dirigentes: a Conferência dos Presidentes, a Mesa, os Questores, a Conferência dos Presidentes das Comissões e a Conferência dos Presidentes das Delegações.

A Conferência dos Presidentes é composta pelo presidente do Parlamento Europeu e pelos onze presidentes dos grupos políticos, e tem por função organizar e programar os trabalhos do Parlamento: por exemplo estabelecer o calendário e a ordem do dia das sessões plenárias, a composição das comissões e das delegações e a programação legislativa. Desempenha ainda um papel importante nas relações do Parlamento Europeu com as outras instituições comunitárias, os países terceiros e as organizações extracomunitárias.

Relativamente à Mesa importa salientar que esta é composta pelo Presidente do Parlamento Europeu, os catorze vice-presidentes e pelos seis questores eleitos pela Assembleia. Orienta o funcionamento interno do PE, nomeadamente o projecto de orçamento; a organização administrativa e financeira; e, o Secretariado e respectivos serviços.

Os Questores são responsáveis pelos assuntos administrativos e financeiros que dizem directamente respeito aos deputados. Os seis questores são consultores no seio da Mesa, procurando fazer com que os deputados possam dispor da infra-estrutura necessária à execução dos seus mandatos.

O trabalho de preparação para as Sessões Plenárias do PE é efectuado por Comissões Parlamentares. Estas elaboram relatórios sobre propostas legislativas relativamente às quais o Parlamento tenha sido consultado e relatórios de iniciativa do próprio Parlamento.
Actualmente são vinte as Comissões permanentes distribuídas por vários sectores, com competências específicas das suas áreas de especialização. Podem existir também Comissões Temporárias, como por exemplo a actual Comissão Temporária sobre as Alterações Climáticas.
Cada comissão elege um presidente e quatro vice-presidentes por um período de dois anos e meio e dispõe de um secretariado.

No actual mandato do Parlamento Europeu há deputados portugueses com diferentes cargos: Edite Estrela (PSE) é Vice-Presidente da Comissão dos Direitos da Mulher e da Igualdade dos Géneros; Ilda Figueiredo (GUE/NGL) é Vice-Presidente do Emprego e dos Assuntos Sociais; Pedro Guerreiro (GUE/NGL) é Vice-Presidente da Comissão das Pescas; Luís Queiró (PPE-DE) é Vice-Presidente da Comissão dos Transportes e do
Turismo e Ana Maria Gomes (PSE) é Vice-Presidente da Subcomissão da Segurança e da Defesa.

A Conferência dos Presidentes das Comissões é composta pelos presidentes de todas as comissões permanentes e temporárias, e permite assegurar uma melhor cooperação entre as diferentes comissões parlamentares. Cabe-lhe apresentar recomendações à Conferência dos Presidentes sobre os trabalhos das comissões, bem como a elaboração da ordem do dia dos períodos de sessões.

As relações com os países exteriores à União Europeia são vitais para o Parlamento Europeu. Para esse efeito existe uma série de Delegações que dialogam com os Parlamentos dos países não membros da União Europeia. Estas desempenham um papel importante no desenvolvimento da influência da Europa no estrangeiro.
No actual mandato do Parlamento Europeu o deputado português Sérgio Marques (PPE-DE) é Vice-Presidente da Delegação para as Relações com a África do Sul e o deputado Sérgio Sousa Pinto (PSE) é Presidente da Delegação para as Relações com o Mercosul.

Assim, no âmbito dos órgãos dirigentes do PE, existe também, a Conferência dos Presidentes das Delegações que examina periodicamente todas as questões relativas ao relacionamento com os países terceiros.

Como nota final importa ainda referir que os deputados europeus e o Parlamento Europeu dispõem ainda do Secretariado-Geral. Este tem por função coordenar os trabalhos legislativos e organizar as sessões plenárias, bem como outras reuniões. Conta com cerca de 5 000 funcionários (um terço dos quais são tradutores e interpretes) que trabalham em Bruxelas, no Luxemburgo, em Estrasburgo e nos gabinetes de informação. Actualmente o Secretário-geral é Harald Rømer.