Os trabalhos do Parlamento Europeu estão repartidos por duas fases principais:

– A preparação da Sessão Plenária é feita pelos deputados em Comissões Parlamentares especializadas em diferentes áreas de actividade da União Europeia, enumeradas abaixo. Os deputados debatem as propostas da Comissão Europeia com base num relatório preparado por um dos membros da comissão parlamentar em causa, o chamado relator. No relatório é apresentado o contexto, prós e contras da proposta e será, depois de aprovado, submetido a votação em Sessão Plenária, com ou sem debate.
Importa ainda salientar que, nesta fase, as questões a debater são também discutidas nos «Grupos Políticos».

– A Sessão Plenária propriamente dita, a totalidade dos deputados examina as propostas de legislação e vota as alterações que pretende introduzir antes de decidir sobre a totalidade do acto jurídico. Nas Sessões Plenárias podem estar ainda na ordem de trabalhos incluídos outros pontos, tais como “comunicações” da Comissão Europeia declarando as suas intenções numa área específica ou questões dirigidas à Comissão Europeia ou ao Conselho da União Europeia sobre temas de actualidade da União Europeia ou no mundo. Note-se que estão também presentes nas Sessões Plenárias representantes da Comissão Europeia e do Conselho da União Europeia.

O Parlamento reúne em sessão plenária todos os meses (excepto em Agosto) em Estrasburgo, por um período de sessões de quatro dias (de segunda a quinta-feira) e seis vezes por ano, em Bruxelas durante dois dias (quarta e quinta-feira).

Comissões Parlamentares
São vinte as Comissões Parlamentares especializadas existentes, cobrindo diferentes assuntos, desde os direitos da mulher até à protecção dos consumidores, passando pela saúde.

As Comissões Parlamentares são constituídas por um número variável de deputados (de 28 a 86 deputados) e, tem um presidente, uma mesa e um secretariado. Podem ser criadas subcomissões e comissões temporárias destinadas a abordar problemas específicos, ou ainda comissões de inquérito no âmbito das suas competências de controlo.

O trabalho do Parlamento é ritmado por um calendário dividido em semanas de diferentes cores: cor-de-rosa, vermelhas, azuis e turquesa, sendo que cada uma delas corresponde a uma etapa do trabalho parlamentar.